这支舰队虽然都是新手，但实力却不容小觑。从舰长到普通水兵都是惯于海上搏击的疍民出身，又经过蒙蒂尼中校半年的正规化训练，已经有了相当的战斗力，只是未经过战火洗礼，仍旧只能算是新兵。
比起舰队实力的大幅提升，陆军就略有些寒酸了。毕竟刘磊需要低调，将人手全都分散驻扎，训练不足也就可以理解了。如今刘磊手上虽然有数千人马，真正长期接受葡萄牙教官训练的只有复国军第一团，也就是驻扎在狮头寨和勐虎寨的队伍。
尽管刘磊为了加强训练，将第一团额定的兵员扩充了一倍，仍旧只有两千四百人罢了。至于在铜山守御千户所的三千人，在船厂的三千人，九江学院保安队三千人，山寨藏兵的一千人，以及驻扎在虾夷岛的一千两百人皆是训练不足。
这其中虾夷岛和海参崴的士兵还好些，毕竟军官都是出自复国军，也能受到较为系统的训练，其他三处的人就差远了。铜山守御千户所和船厂的人都只是进行了基本训练，因为火器缺乏射击训练并不多，但队列训练得相当熟悉还算可用。
战斗力最差的是保安队的三千人，为了避免有心人的窥探，这支半明面上的队伍连火枪也不敢发，每天只能扛着棍子训练队列，现在要想参战至少需训练半个月如何装弹击发火绳枪才行。
面对如今的局面，刘磊决定重新整编军队，给各部队整训的时间，以便发挥出战斗力。很快复国军第一团就被拆分了，多出来的一千二百人被抽到出来，充实到了三支部队中作为军官使用。
铜山守御千户所的部队被整编成复国军第一旅，由聂云担任旅长，船厂后来新招募的三千护卫被整编为第二旅，由牛强担任旅长，保安队在发放火器之后，整编为复国军第三旅，由郭继峰担任旅长。
因为保安队战斗力差，短时间内无法形成战斗力，刘磊特地为其加强了炮兵。第一旅和第二旅都只有一个炮兵连，而第三旅则编制了一个炮兵营，由江宏担任营长。
为了避免编制的混乱，复国军最有战斗力的第一团更名为教导团，由吴跃担任团长，将在未来一段时期内担负起训练基层军官的角色，也是刘磊手中最强的机动力量。
原本铜山守御千户所的千户陈菫元在女儿小莲嫁给聂云之后，算是被牢牢捆绑在了刘磊的战车上，他也只好死心塌地的跟着刘磊了。刘磊对这个人也算有仁有义，直接让他到漳州府城担任了复国军后勤总管，应付各部队一应军需。
这个工作始终在后方驻守，安全性绝对有保证，也让刘磊能就近监视。何况后勤军官都是刘磊的亲信，账目另有人负责，也不怕陈堇元从中弄鬼。至于虾夷岛的一千多人加上后来训练的三千预备兵刘磊是鞭长莫及的，他干脆将其整编为海军陆战队第一团，由冯子超担任团长，三千人训练的预备兵为海军陆战队三个补充团，算是确立起了这个对外作战急先锋的军种。
刘磊另外派出部分军官给万子平，授命他重新建立海军陆战队第二团，作为跟随舰队作战和守卫东山岛之用。不过这支部队需要重新招募，至少一年内根本派不上用场。
在大整编之中，刘磊唯一没有动的就只有让孙兴霸拉起来的五千民团。这些人仍旧以旧制训练而成，武器都是勐虎寨另外制造的冷兵器，火绳枪数量不足五百。
这支民团训练也算刻苦，不过是给耿精忠看的，刘磊却是并不关心，甚至连军官也没有派过，其内部从上到下都从士兵中甄选而出，总体来说没人对他们报以多大希望，但之后的战斗却令众人对他们刮目相看。这些都是后话，在刘磊秘密整编部队之后，他突然发现了一个严重问题，服装不统一。复国军教导团原本是有统一服装的，他们全都采用了护卫们所穿的青衣，为此几乎将福建青色布料买绝了。
后面征召的九千人，却没有这么好的待遇了，一来是为了隐蔽起见，刘磊不想让他们太过惹眼，二来是楚风反对，九千人如果都穿青衣，所花费的实在太多了。
这个时代染色都是利用植物进行的，青色主要应用从兰草中提取的靛蓝洗染，这也是青出于蓝这句话的出处了。只是植物染料耗费巨大，往往需要大量种植才行，这就造成染色的布料往往比白布贵了许多倍。给全军制作青衣，比制作白衣的造价要多了三十倍不止，可是军队又不能身穿白衣，否则按照华夏的习惯那就变成披麻戴孝的送葬队伍了。
如何解决这个问题，刘磊第一个想到的当然是化学，他一面向勐虎寨发出命令，制造几种特殊的容器，一面让化工厂采买各种所需原料，同时与张百万联系，购买了大量廉价白布。
这一次的化学生产刘磊轻松了许多，因为有化工厂的存在，许多基础原料都已经足备了。例如以煤焦油为原料，依靠蒸馏塔生产出来的苯，利用硫酸加入食盐生成的盐酸，以及硫酸加入硝石生成的硝酸。利用金属锌和硫酸反应生成氢气，再与焦炭炉尾气燃烧后水洗获取的甲醇。
刘磊依旧在盐酸中加入软锰矿粉生成氯气，再与废铁屑在封闭容器内煅烧反应，生成了氯化铁蒸汽，冷凝后便能得到三氯化铁。以三氯化铁为催化剂，将苯和氯气反应，能够生成氯苯和氯化氢。将氯苯与浓硫酸和硝酸混合溶液反应，刘磊得到了一种澹黄色结晶粉末，这就是二硝基氯苯。除了这种物质以外，刘磊还利用甲醇在铁锈和软锰矿粉作为催化剂，在反应釜中制成了甲醛。
看着刘磊制取出来的这些新玩意，周二狗的眼睛都快看不过来了，他唯一能做的只有记录再记录，把整个过程的每个细节全都记述下来，作为今后设定工艺流程的参考。