马步芳弃笔从戎后，马麒着意培养马步芳。在三子六女中，马麒特别喜欢次子马步芳，视其为掌上明珠。马步芳长得风流倜傥、一表人才，又聪明领伶俐，人见人爱。
虽然马麒并不希望儿子从军，但既然儿子已经成了军人，也只能顺着儿子的愿望培养。马步芳参军不久，被父亲任命为甘边宁海镇守使署一等参谋。15岁时，被提升为宁海巡防马队第1营帮带，相当于副营长。190年，马麒将宁海军扩编为0个营，马步芳任骑兵第15营管带(即营长)，后改编为骑兵第1营，驻防巴燕戎。全营共180来号人，180多匹马。马步芳以此为基础，逐步扩充，几年之后成为一个团，马步芳天经地义地是该团团长。马步芳参加了几次战斗，均表现不俗，且有一定的指挥能力，5岁那年，当上了第6师77旅副旅长。
190年国民党因派系之争导致中原大战。马麒父子为了自保，两面投机。大战初期，马步芳率骑兵一旅随冯玉祥部进军陕西。随着战局的推进，冯、阎失败趋势越来越明显，马麒父子立即改换门庭，易帜拥蒋，向冯玉祥部展开凌厉的攻势。蒋介石在取得中原大战胜利后，任命马步芳为新编第9师师长。马步芳还兼任青海省城防司令部司令、青海蒙藏文化促进会理事长，掌握青海的经济、文化、军事大权。
191年，马麒病逝，雄心勃勃的马步芳想继任青海省主席一职。蒋介石一直想控制青海，准备利用这一机会安排自己的亲信担任青海省主席。马步芳权衡得失后，以退为进，领着青海的一班权贵们，向国民党中央建议，由马麒的弟弟、马步芳的叔叔马麟接任青海省主席。蒋介石为了拉拢、安排青海实力派，强化与青海“马家军”的关系，不得不任命马麟为青海省代理主席，不久又把“代理”两字去掉，让马麟转正。马步芳兼青海省政府委员，不久又兼青海南部边区警备司令。马步芳这一步可以说是一箭双雕，既改善了叔侄关系，又抵制了蒋介石的向青海的渗透，为自己以后全面统治青海铺平了道路。尽管此时的马步芳还不到而立之年，通过复杂斗争的历练，政治上比较成熟，而且富于心机，处理棘手问题非常圆润、老道了，大有青出于蓝而胜于蓝的势头。马步芳的才干，在19年爆发的青藏战争中，再次得到充分的展示。
历史上，青海与西藏相毗连，一直没有明确、固定的分界线。到了清代，两地大体上以唐古拉山分水岭为自然分界线，在很长的一段时间内保持了和平的局面。但是，英国殖民主义者及西藏的亲英势力，自上次案甲休兵后，不甘心自己的失败，潜神嘿规、处心积虑地分裂祖国，并企图染指青海。马步芳父子对此心知肚明，采取多种措施加以防范。190年1月间，青海省政府呈准国民政府在玉树设立青海南部边区警备司令部，马步芳亲自担任任司令，直接处理玉树的各种事务。司令部加强驻军力量，在玉树设两个旅，由马麒的女婿马训担任第1旅旅长，马麒的叔父马彪担任第旅旅长。除了加强对两地相邻地区的防守外，马步芳主动与西藏方面联络，发展两区贸易，极力缓和双方关系。
日本帝国主义制造九一八事变、侵占我东北三省后，英国殖民主义者蠢蠢欲动，想趁火打劫、混水摸鱼。在英国殖民主义者的怂恿、支持下，19年二三月间，西藏亲英势力以尕丹寺事件为借口，调集藏军五六千人人进攻玉树地区。尕丹寺是玉树地区的黄教寺院，由西藏派的堪布管理。此地还有白教的寺院德赛寺，得到青海派驻当地的军队所支持。两寺的关系，是青、藏两地关系的晴雨表。两寺因抢收附近藏民的庄稼经常发生冲突。当时，青海马家军只有区区几百人，无法抵挡藏军的进攻。
此时，马步芳还面临一个非常棘手的问题，就是胡宗南势力有意插手青海事务，渗透力量。马步芳明白，胡宗南的背后是蒋介石，马步芳自然不敢得罪胡宗南。
在双重矛盾并存之际，马步芳把主权放在首位。在维护国家主权这个问题上，马步芳态度非常明确和坚决。他迅速作出反应，准备反击西藏分裂主义势力的挑衅，并立即向国民党中央汇报，请求支援。国民政府同意马步芳的反击行动，并拨给了一些枪支弹药及其他物资，还下拨了部分军费。西藏亲英势力不仅觊觎青海，还想东进四川，与四川的刘文辉也存在尖锐矛盾。马步芳与刘文辉商定，双方共同派出兵讨伐藏兵。经过近一年的作战，马刘联军把藏兵驱出玉树，并深入西藏，准备一举拿下昌都。西藏方面抵挡不了马刘联军的进攻，请求案甲休兵议和，并乞求国民政府出面解决双方争端。在蒋介石的斡旋与压迫下，西藏方面在与四川方面达成妥协后，与青海方面举行谈判，于19年签订停战协定，共８条，全文如下：
第一条：尕丹寺管理寺院之堪布，由该寺僧众内自行推举后，呈准达赖大佛加委。堪布权力照旧以宗教为范围，毫不准干涉政治。
第二条：青科、当头两寺宗教权，准归作巴照旧管辖，惟两处双方均不得驻扎军队，以免因接壤而引起纠纷。
第三条：和议条约成立后，藏方即先行撤兵；青方于藏方撤退14日起，即继续撤兵。双方除其原驻兵力外，其余限１月内撤退。以后青藏两方，各守疆土，不得侵犯。如藏方侵略青海境界，有藏方昌都、巴宿、类乌齐6族头目人等担保。青海军队侵略西藏境界，有玉树5族头目人等担保。
第四条：藏方官兵如有变归青方，或潜逃青方者，青方不得收留袒护；青方官兵如有意归藏方者，藏方亦不得收留袒护。
第五条：双方对于宗教寺院，一概极力保护。
第六条：青海如有坏人犯罪逃避藏方者，藏方无论军官民众，均不得袒护隐藏；藏方如有坏人犯罪逃避青方者，青方亦援例遵守。
第七条：青海对西藏商民，须极力保护；西藏对青海商民，亦须极力保护。
第八条：所有青方俘虏之藏方官兵，在条约成立签字后，青方即完全交归藏方。
青藏战争使得英帝国主义的阴谋破产，西藏亲英势力得到应有的打击。马步芳和他的马家军为维护国家统一，稳定西部边陲，保障青海、四川安全作出了一定的贡献，马步芳因此声誉鹊起。胡宗南插手青海的计划最后化为泡影。
在这次冲突中，马步芳果断使用军事手段维护民族利益及自身利益，善于借助他人力量为自己服务，利用危机转化矛盾，这在西北军阀中是头一无二的。（未完待续）